Dinas Pendidikan Kabupaten Biak Numfor terkait erat dengan pembentukan struktur pemerintahan daerah di Indonesia, yang diatur melalui berbagai peraturan perundang-undangan dari tingkat pusat hingga daerah. Dinas Pendidikan Kabupaten Biak Numfor dibentuk berdasarkan kerangka hukum yang ditetapkan oleh Pemerintah Kabupaten Biak Numfor, sejalan dengan undang-undang yang lebih tinggi seperti UU No. 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan UU No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah.
          Salah satu peraturan spesifik yang mengatur pembentukan dan tata kerja dinas ini adalah Peraturan Daerah (Perda) Kabupaten Biak Numfor Nomor 3 Tahun 2009 tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas-Dinas Daerah Kabupaten Biak Numfor.
          Dalam beberapa dokumen, nama dinas ini muncul sebagai "Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Biak Numfor" (Dinas Pendidikan dan Kebudayaan), yang menunjukkan adanya penggabungan fungsi pendidikan dan kebudayaan di bawah satu organisasi.
          Sejak pembentukannya, dinas ini bertanggung jawab penuh untuk mengelola dan meningkatkan kualitas pendidikan di wilayah Kabupaten Biak Numfor, mulai dari tingkat PAUD, TK, SD, SMP, SMA, SMK, hingga Pendidikan Luar Sekolah. Hal ini mencakup penerbitan izin operasional sekolah, pengelolaan data pendidikan, serta pembinaan dan pengawasan.
          Meskipun tanggal pendirian pastinya tidak disebutkan secara eksplisit, pembentukannya merupakan bagian dari proses otonomi daerah di mana setiap kabupaten/kota membentuk unit-unit kerja (dinas) untuk menjalankan fungsi pemerintahan di bidang masing-masing. Dokumen-dokumen resmi dari dinas ini sudah aktif diterbitkan setidaknya sejak pertengahan tahun 2000-an.